Возникла аналогичная ситуация с индексированием. Добавил в файл robots.txt строку
Host: [мой домен].ru
В результате, после очередной индексации сайт http://[мой домен].ru стал зеркалом сайта http://***.z16.ru со всеми вытекающими: упал тИЦ до 10, снизилась посещаемость

В данный момент удалил эту строчку и добавил по совету Astrallera в файл .htaccess
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^мой домен.ru$
RewriteRule ^(.*)$ http://мой домен.ru/$1 [NC,R=301,L]
Судя по всему строка
Host: [мой домен].ru
актуальна именно для зеркала, а не для основного домена.
Вопрос:
Что можно и нужно сделать еще, чтобы сайт http://[мой домен].ru стал основным?