1) Посчитает ли любая поисковая машина мой сайт за линко-помойку?
В рятли, но ссылки советую не вешать кучей.
Отберет ли за это тИЦ и/или PR?
Нет, до ваший ТиЦ и PR им глубоко фиолетово. А вот отфильтровать внешние ссылки, что-бы они перестали давать эфект покупателям могут.
2) Сделает ли бяку в дальнейшем, если число ссылок в сумме на всех страницах возрастет до 1000 (но по прежнему не более 5 ссылок на странице).
См.п.2.
3) Какому идиоту и зачем нужна ссылка на странице 3его уровня с тИЦ и PR = 0

Она ему нужна не для ТиЦ/PR, а для серпа. Иногда выгоднее купить полсотни таких ссылок, чем одну жирную с морды.